Dix enfants particuliers sont pourchassés par une armée de monstres.
Une seule personne pourrait les aider : Miss Peregrine ! Mais elle est prisonnière dans sa forme oiseau...
Les enfants particuliers sont désemparés : Miss Peregrine, changée en oiseau, est prisonnière de son état, suite à l'attaque des Estres, des âmes damnées. Ils n'ont plus qu'un espoir : trouver une Ombrune susceptible de redonner à la directrice de l'orphelinat sa forme humaine.

Après avoir essuyé une tempête entre Cairnholm et le continent, le petit groupe d'enfants échoue sur une rive de Grande-Bretagne, en 1940, alors que la Seconde Guerre mondiale fait rage. Aussitôt pris en chasse par des Estres déguisés en soldats,
ils se réfugient in extremis dans une boucle temporelle. Là, vit une curieuse ménagerie d'animaux singuliers. Parmi eux, Addison, un chien parlant, leur apprend que Miss Wren, la dernière Ombrune en liberté, est partie libérer ses sœurs à Londres. Il devient urgent pour les enfants particuliers de rejoindre la capitale...