Jonathan raconte à son tour les troublantes évolutions de la Cité. Ce surdoué en informatique a choisi de nommer son avatar "Harry", tout comme son ex-meilleur ami Thomas, qu'il avoue espionner depuis le début du jeu, au mépris de toutes les règles.
Jonathan et ses alliés, notamment les étranges jumeaux, étudient de près la Mémoire de la Cité, dans laquelle les avatars n'apparaissent pas tous de la manière. Tandis que Thomas cherche à libérer Liza, qu'Elena apprend la vérité sur son frère et qu'Arthur disparaît à nouveau, les Uniques assiègent les Affranchis. Une surprenante coalition se déploie alors pour briser leur emprise sur la Cité.
Au cœur de la bataille, Jonathan doit effectuer un choix crucial. Osera-t-il ? Le réel et le virtuel s'entremêlent plus que jamais quand, soudain, un dramatique événement prend de court les joueurs du monde entier.